In de eerste eeuwen had het dorp veel te stellen met de zee. Regelmatig braken de dijken door, zoals bij de Allerheiligenvloed in 1570 en bij de Sint-Maartensvloed van 1686, toen in het dorp 60 mensen, 221 koeien en 29 paarden verdronken en 38 huizen werden vernietigd. De ergste overstroming was echter de Kerstvloed van 1717 toen 78 mensen, 66 paarden, 219 koeien, 21 varkens en 747 schapen verdronken en van de 50 huizen er 35 werden verwoest en 11 onbewoonbaar werden, zodat het dorp nog maar vier huizen telde. Bij deze overstromingen ontstonden ook een viertal kolken langs de huidige Kaakhornsterweg en het Kaakhornsterpad. De dijk werd vervolgens in 1718 1,5 kilometer naar het noorden verschoven en het dorp werd vervolgens herbouwd aan oostzijde van de kerk, die sindsdien aan de rand van het dorp staat. Door de nieuwe dijk bleef het dorp gespaard voor nieuwe overstromingen. Van de oude dijk resteert alleen een klein stukje ten oosten van Hiddingezijl, dat in eigendom is van het Groninger Landschap als het ‘kleinste natuurgebied van Groningen.